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造成洋蔥頭腐爛有四個原因：
一、病害：主要有洋蔥莖腐病、洋蔥球莖軟腐病、洋蔥球莖腐爛病、洋蔥軟腐病、洋蔥白腐病。
二、蟲害：地蛆、地老虎、金針蟲、蠐螬等地下害蟲，咬食、蛀食蔥頭或根部，其形成的傷口，易受到病原菌侵入。
三、營養失衡：在生產管理方面，營養失衡也會造成洋蔥的生理性病害，或導致蔥頭腐爛。在洋蔥生長前期施用氮素肥料過多，則導致洋蔥組織柔軟，增加病菌的侵染機會。
四、澆水：在鱗莖膨大生長的后期，第l～2葉已枯黃，3～4葉的葉尖發黃，此時鱗莖內由于沒有新的葉片充實葉鞘而發生中空，導致葉鞘包裹不緊，灌水過大時，水會順著葉片流入到鱗莖內，鱗莖極易受腐敗性細菌感染而腐爛。因此在鱗莖充分膨大后，田間植株剛剛開始倒伏時，要將直立的植株全部人工壓倒，防止水流人鱗莖。
防治方法為：
一、改多年連作為合理輪作：在同一塊土地上，連續種植同一種作物(有時是同一個品種)必然會導致因養分的失衡而造成生理性病害(非侵染性病害)的加重，必然會導致因寄主的充盈而造成某些侵染性病害的加重。從而使生產的農產品產量下降、品質降低、成本提高、效益遞減，使土地的回報率降低。因此，洋蔥生產必須要與禾本科作物實行三年以上的輪作。
二、改洋蔥清作為間套作：洋蔥與棉花、洋蔥與玉米問作、套作，是早已成型的成功栽培方式，當洋蔥收獲后，棉花或玉米剛剛進入旺盛生育期，洋蔥收獲后的空檔，為棉花或玉米創造了良好的通風透光條件，利用邊行優勢，可使種植密度增加到清種的80％，邊行優勢的互補可使秋收作物的產量達到清種的l 00％。使土地利用率提高50％左右，生態環境明顯改善，病蟲危害有所抑制。
三、改洋蔥平畦栽培為高畦栽培：平畦栽培灌水方便，但平畦地溫低、濕度大、澆水一易積水，容易感病；高畦覆膜栽培、地溫較高、無積水、土壤不板結、比平畦栽培的病害發生幾率明顯降低。
四、加強病蟲害防治
1、地蛆可在田間用糖醋液誘殺成蟲，或在成蟲盛期用2．5％功夫2 000～3 000倍均勻噴霧。幼蟲，可用90％敵百蟲晶體800倍液，或40％樂斯本乳油1 000～1 500倍液藥劑灌根，每株250 g，隔8-10 d再噴灌一次。
2、洋蔥軟腐病：用50％琥膠肥酸銅(DT)可濕性粉劑500倍液，或77％可殺得微粒可濕性粉劑500倍液；72％農用鏈霉素可溶性粉劑4 000倍液、新植霉素4 000～5 000倍液，7～10d噴1次，連續噴2～3次。
3、洋蔥頸腐病：50％速克靈可濕性粉劑2 000倍液或45％
特克多(噻菌靈)懸浮劑3 000倍液、50％撲海因可濕性粉劑1 500
倍液、60％ 防霉寶(多菌靈鹽酸鹽)超微粉600倍液、40％多硫懸
浮劑600倍液、50％混殺硫懸浮劑或36％ 甲基硫菌靈懸浮劑500倍液、
2％武夷菌素(BO一10)水劑150倍液，隔7～10 d噴1次，共噴3～4次。
4、洋蔥白腐病。可用3％妙回田水劑500倍液或40％福星乳油8 000倍液、20．67％萬興乳油3 000倍液、72．2％普力克水劑700倍液、4％農抗120水劑200倍液，10％ 世高水分散粒劑1 500倍液、50％農利靈(乙烯菌核靈)可濕性粉劑1 000倍液、75％百菌清可濕性粉劑800倍液、50％速克靈可濕性粉劑1 500倍液，用無噴嘴藥械將藥液順葉鞘莖基噴淋灌入根部。
5、洋蔥球莖軟腐病、洋蔥球莖腐爛病：72％農用鏈霉素可溶性粉劑4 000倍液、25％ 絡氨銅水劑500倍液、50％琥膠肥酸銅(DT)膠懸液500倍液、77％可殺得可濕性粉劑500倍液。
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